Ἡ Ἱερὰ Βασιλικὴ καὶ Σταυροπηγιακὴ Μονὴ τοῦ Ἁγίου Νεοφύτου τοῦ Ἐγκλείστου, ἡ γνωστή καὶ ὡς Μονή τῆς Ἁγίας Ἐγκλείστρας, ἱδρύθηκε ἀπὸ τὸ μοναχό Νεόφυτο.

Οἱ πιὸ σημαντικοὶ σταθμοὶ στὴν ἱστορία τῆς μονῆς εἶναι οἱ ἑπόμενοι:

Νεόφυτος μοναχός, ὁ νέος κτίτωρ (†1512): Ἡ ἀνακαίνιση τό 1503 τριῶν τοιχογραφιῶν στὸ ναὸ τοῦ Τιμίου Σταυροῦ ὡς καὶ τοῦ παντοκράτορα στὸ ἱερό βῆμα τῆς Ἐγκλείστρας καὶ ἡ προικοδότηση μὲ πολλά σκεύη καὶ χρειώδη τοῦ ναοῦ δαπάναις τοῦ μοναχοῦ Νεοφύτου, τοῦ καὶ νέου κτίτορος ὅπως ὀνομάστηκε, ἴσως εἶναι δηλωτική καὶ μιᾶς νέας οἰκοδομικῆς καὶ ἀνακαινιστικῆς δραστηριότητας στὴ μονή. Δὲν ὑπάρχουν γραπτὲς μαρτυρίες γιὰ τὴν χρονολόγηση τῆς κατασκευῆς τοῦ Καθολικοῦ τῆς Κοιμήσεως τῆς Θεοτόκου, ἀλλὰ οἱ τοιχογραφίες τοῦ ἐξωνάρθηκα στήν Ἐγκλείστρα προέρχονται ἀπό τούς ἴδιους τεχνίτες πού ἀρχές τοῦ 16ου αἰῶνα ζωγράφισαν καὶ τὶς τοιχογραφίες τοῦ Καθολικοῦ. Μποροῦμε βάσιμα νὰ τοποθετήσουμε τήν οἰκοδόμηση τοῦ Καθολικοῦ τῆς Κοιμήσεως στά τέλη τοῦ 15ου αἰῶνα.

Ἡγουμενία Λεοντίου Α΄: Τό 1631 ὁ ἡγούμενος Λεόντιος Α΄, κατόρθωσε νὰ ἐξασφαλίσει πρὸς ὄφελος τῆς μονῆς σιγίλλιο τῆς Ἱερᾶς Συνόδου τοῦ Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως. Ἡ Πατριαρχική Σύνοδος, ὑπό τήν προεδρία τοῦ Κυρίλλου Λουκάρεως, ἐπισημοποιοῦσε τὴν ἀπόφαση τῆς Ἱερᾶς Συνόδου τῆς Ἐκκλησίας Κύπρου τοῦ 1611, ἡ ὁποία, μὲ τὴ σύμφωνη γνώμη καὶ τοῦ ἐπισκόπου Πάφου Λεοντίου, ἀναγνώρισε τὴ Μονή τῆς Ἁγίας Ἐγκλείστρας ὡς ἀνεξάρτητη. Ὁ τότε Ἀρχιεπίσκοπος Κύπρου Χριστόδουλος διατηροῦσε στενὲς σχέσεις μὲ τὸν Κύριλλο Λούκαρι ἀπὸ τότε πού ἦταν Πατριάρχης Ἀλεξανδρείας. Εἶχε μάλιστα χειροτονηθεῖ ἀπὸ τὸν Λούκαρι.